Contracaecum australe n. sp. se describe a partir del cormorán neotrópico Phalacrocorax brasilianus en Chile basado en la morfología y los análisis de secuencia de múltiples loci, es decir, mitocondrial citocromo oxidasa 2, ADNm cox-2 , la subunidad pequeña del gen mitocondrial de ARN ribosómico, rrnS y el ITS-1 y regiones ITS-2 de ADN ribosómico nuclear. Además, el análisis de secuencia de los mismos genes se realizó en la morfoespecie Contracaecum chubutensis Garbin et al. (2008) de Phalacrocorax atriceps . Además, se presentan relaciones genéticas entre C. australe n. sp. y C. chubutensiscon respecto a los congéneres relacionados de aves se alimentan de peces previamente caracterizados genéticamente en los mismos marcadores genéticos, es decir, Contracaecum rudolphii A, B, C, D, y E, Contracaecum septentrionale , Contracaecum microcephalum , Contracaecum bioccai , Contracaecum pelagicum , Contracaecum micropapillatum , Contracaecum gibsoni y Contracaecum overstreeti . Varios análisis filogenéticos (MP, NJ y BI) inferidos de genes mitocondriales ( cox-2 , rrnS ) fueron congruentes al representar C. australe n. sp. y C. chubutensiscomo formando clados distintos, altamente apoyados, del resto de los taxones Contracaecum considerados; por lo tanto, valida su estado específico. Además, los análisis de los datos de secuencia ITS-1 e ITS-2 de C. australe n. sp. y C. chubutensis apoyó su distinción con respecto a las 2 especies hermanas, C. rudolphii D y C. rudolphii E, previamente detectadas en Phalacrocoracidae de Australia. Análisis morfológico y diagnóstico diferencial de especímenes masculinos de C. australenorte. sp. permitió la detección de diferencias en varios caracteres, incluida la longitud de la espícula, la forma peculiar de la cola masculina, la disposición de las papilas paracloacales y la forma y profundidad de bifurcación de las interlabias. De acuerdo con los resultados genéticos y morfológicos obtenidos, se da la erección de un nuevo taxón a partir de aves que se alimentan de peces de la región Austral y se presenta su descripción formal. Los árboles filogenéticos son compatibles con C. australe n. sp. y C. chubutensis como incluido en el mismo clado con las especies detectadas previamente de cormoranes, es decir, C. rudolphii A, B, C y C. septentrionale . El hallazgo de C. australe n. sp. y C. chubutensis parásitos dePh. Brasilianus y Ph. Atriceps , respectivamente, parecen apoyar una asociación huésped-parásito entre C. rudolphii A, B y C, C. septentrionale , C. chubutensis y C. australe n. sp. y diferentes especies de cormoranes pertenecientes a Phalacrocorax.